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Poissonnerie. Poissons de mer. Daurade grise. © BOSSENNEC Jean-Marie

La viande et le poisson altérés par des bactéries qui aiment le froid

Des chercheurs de l'Inra ont identifié les communautés bactériennes associées aux phénomènes d'altération de certaines viandes et de produits de la mer parmi les plus consommés en France. Les viandes et produits de la mer sont des aliments très périssables et dont la durée de stockage à froid est relativement courte (de quelques jours). Ces recherches ouvrent des perspectives pour limiter les pertes et gaspillages liés aux altérations que provoquent ces bactéries.

Publié le 26/12/2014

Limiter l'altération: un enjeu majeur de la production des viandes et des poissons

Les viandes et produits de la mer sont la source d'un développement bactérien qui, sans être un risque sanitaire pour le consommateur, conduit souvent à des phénomènes d'altération prématurés (défauts sensoriels) même avant la date limite de consommation. Les viandes et poissons altérés deviennent alors impropres à la consommation et sont retirés de la vente sans être distribués aux consommateurs. En Europe, jusqu'à 20% des viandes et poissons (163 millions de tonnes) sont produits à perte ou gaspillés en raison de ces phénomènes (source : EuroQualilty 2014). Réduire ces pertes constitue un enjeu majeur dans le cadre du développement de systèmes alimentaires durables. Toutefois, les espèces bactériennes impliquées dans le processus d'altération de ces aliments d'origine animale et leur dynamique de croissance lors du stockage au froid sont peu connues à ce jour.

Des bactéries de l’environnement qui aiment le froid

Dans le cadre du projet ANR ECOBIOPRO, des chercheurs de l’Inra de Jouy-en-Josas, en collaboration avec 10 laboratoires agro-industriels ou académiques français, ont identifié les communautés bactériennes présentes dans les produits frais et au cours du stockage lorsque l'altération se produit dans 160 échantillons de viande et de produits de la mer issus de l'industrie française. Ces travaux ont montré que ces produits alimentaires sont naturellement contaminés par environ 150 à 200 espèces divisées en deux types de communautés, l'une spécifique de chaque produit et issue du microbiote (ou flore bactérienne) d'origine animale (peau/cuir/nasaux/tractus digestif), l'autre très conservée au sein des différents aliments et d'origine environnementale (eau/sol/alimentation animale). Au sein des quelques 500 espèces identifiées sur l'ensemble des produits, les scientifiques ont remarqué qu'une centaine d'espèces de nature psychrotrophe (capable de survivre et de se développer avantageusement au froid), vraisemblablement véhiculées par l'eau (environnement de l'animal, lavage et procédés de fabrication), étaient présentes sur tous les produits quelle que soit leur origine. Ils ont pu mettre en évidence que ces bactéries psychrotrophes, pourtant minoritaires dans les produits frais, constituent le cœur des assemblages bactériens altérants sélectionnés durant le stockage au froid.

Découverte de nouveaux taxons bactériens

En comparant les produits frais et les produits altérés, les chercheurs ont pu démontrer que sous l'effet de pressions de sélection exercées par le mode de stockage (sous vide ou sous atmosphère modifiée) et par le caractère nutritionnel spécifique à chaque aliment, les communautés altérantes se sont assemblées de manière différente et avec plus ou moins de diversité. Ainsi, les viandes se sont révélées plus sélectives que les produits de la mer dans lesquels se développent des communautés plus diversifiées. Par ailleurs, ces travaux ont aussi conduit à l'identification de quelques nouveaux taxons bactériens majoritaires, notamment dans le cabillaud. Les méthodes culturales couramment utilisées dans l'investigation des flores alimentaires sont peu adaptées pour les écosystèmes présents dans les produits altérés. C’est pourquoi les espèces bactériennes qui se sont révélées majoritaires au sein des écosystèmes identifiés dans les produits altérés n’avaient jusqu’alors pas été décrites et ont pu l’être grâce aux techniques de séquençage à haut débit utilisées dans cette étude car elles ne requièrent pas d’étape de mise en culture.

Comprendre l'altération pour la maîtriser et réduire les pertes

Cette avancée scientifique ouvre de nombreuses perspectives pour mieux comprendre les interactions bactériennes qui se mettent en place lors du stockage au froid des viandes et des poissons. La possibilité de mieux cibler les différents acteurs bactériens impliqués dans la dégradation de ces aliments offre aux scientifiques les clés potentielles pour identifier les métabolismes qui concourent aux phénomènes d'altération visuelles et sensorielles. Cette connaissance pourrait alors être utilisée comme un outil de contrôle et de maîtrise de la croissance des bactéries altérantes et permettrait de minimiser les pertes économiques associées à la production de ces aliments.

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Microbiologie et chaîne alimentaire
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Jouy-en-Josas

Référence

Stéphane Chaillou et al. Origin and ecological selection of core and food-specific bacterial communities associated with meat and seafood spoilage. ISME Journal, en ligne le 21 octobre 2014. doi:10.1038/ismej.2014.202