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Microbiote, la révolution intestinale

Bien nourrir son microbiote (2)

  

Mis à jour le 22/02/2017
Publié le 16/02/2017

Microbiote des villes, microbiote des champs

Longtemps, la tendance a été d’éviter que les bébés ne soient en contact avec les microbes. Une meilleure hygiène, les naissances par césarienne et l’utilisation excessive d’antibiotiques diminuent d’autant l’exposition aux bactéries. Résultat : le microbiote des tout-jeunes tarde à se mettre en place et à se diversifier. Ceci peut provoquer des défauts dans la maturation du système immunitaire, entraînant des pathologies telles que les allergies. De nombreuses observations appuient cette thèse, dite hygiéniste, de l’origine des allergies. Par exemple, les enfants vivant à la ferme, et donc en contact avec un environnement plus diversifié en bactéries sont moins sujets aux allergies que les enfants vivant en ville. Les chercheurs de l’Inra ont aussi montré que des souris élevées dans un milieu stérile développent des allergies plus sévères. De quoi remettre en cause notre aversion pour les microbes !

 

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Le microbiote : le coach de nos défenses

Pollens, cacahuètes, oeufs ou acariens : les allergies explosent au sein des populations occidentales et le microbiote y est pour quelque chose. Mais quel peut bien être le rapport entre nos bactéries intestinales et ces réactions inappropriées de nos défenses immunitaires ? Les scientifiques ont montré que le microbiote joue un rôle crucial dans la maturation du système immunitaire. Tout commence à la naissance, lors de la colonisation du tube digestif du bébé par les bactéries. Entre les micro-organismes et les toutes jeunes et naïves défenses du nouveau-né, s’établit un dialogue incessant. Le système immunitaire apprend ainsi à reconnaître et différencier les bactéries et les protéines alimentaires à tolérer de celles à combattre. Mais il apprendaussi à graduer ses réactions. C’est grâce à cet entraînement intensif que l’on atteint un bon équilibre entre les différentes réponses immunitaires.

DES FIBRES POUR CONTRER LES ALLERGIES

Vue en microscopie électronique d’une coupe transversale d’intestin de souris au niveau du côlon. L’épithélium est coloré en bleu mais contient, en vert, les cellules productrices de mucus. Ce dernier correspond à la couche verte tapissant la surface interne de l’épithélium.. © Unai ESCRIBANO-VASQUEZ - Inra, ESCRIBANO-VASQUEZ Unai
Vue en microscopie électronique d’une coupe transversale d’intestin de souris au niveau du côlon. L’épithélium est coloré en bleu mais contient, en vert, les cellules productrices de mucus. Ce dernier correspond à la couche verte tapissant la surface interne de l’épithélium. © Unai ESCRIBANO-VASQUEZ - Inra, ESCRIBANO-VASQUEZ Unai
Un autre facteur, cette fois-ci alimentaire, met en relation microbiote et allergies. Nos régimes occidentaux sont de moins en moins riches en fibres, ces polysaccharides que seules nos bactéries intestinales savent dégrader. Or, cette digestion des fibres produit des acides gras à chaîne courte (AGCC) qui passent dans le sang. Les chercheurs de l’Inra ont montré que ces AGCC agissent sur le système immunitaire et ont des propriétés anti-inflammatoires. Des souris soumises à un régime alimentaire riche en fibres produisent beaucoup d’AGCC et sont alors protégées contre le développement d’allergies pulmonaires et alimentaires. Ainsi, régimes pauvres en fibres et trop faible exposition aux bactéries semblent bien s’additionner pour conduire à cette expansion des allergies dans notre société.

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LE GLUTEN : AMI OU ENNEMI ?

Il y a, d’une part, les personnes atteintes de la maladie cœliaque, dont l’intolérance au gluten est avérée, et d’autre part, des milliers de personnes qui se déclarent intolérantes aux protéines du blé. Des chercheurs de l’Inra se sont penchés sur le microbiote de ces consommateurs qui se détournent du pain et des pâtes. Tout d’abord, ils ont remarqué que les personnes au régime sans gluten présentent un sérieux déséquilibre du microbiote. Les populations de bactéries bénéfiques (bifidobactéries, lactobacilles) chutent de façon dramatique. En effet, le gluten constitue l’un de leurs aliments habituels. Ce régime réduit aussi les apports en fibres, qui, elles aussi, nourrissent le microbiote. Résultat de cette dysbiose : une modification de la production d’acides gras à courte chaîne (AGCC), dont les effets bénéfiques sur le système immunitaire et cardiovasculaire sont bien connus. Le régime sans gluten n’est donc pas sans conséquences. Mais alors, pourquoi ces personnes affirment-elles se sentir mieux ? Est-ce réellement la suppression du gluten ? Ou est-ce qu’en diminuant l’apport en fibres, elles réduisent aussi certains symptômes liés à la digestion ? La question reste ouverte, dans l’attente de nouveaux résultats.

Vache. © Inra, NICOLAS Bertrand

LES VACHES, USINES À GAZ

Pas de vache sans microbiote : les micro-organismes de leur tube digestif leur sont aussi vitaux que le coeur ou le foie. En effet, c’est le microbiote qui réalise l’exploit biochimique de transformer un aliment aussi pauvre et indigeste que le fourrage en énergie et nutriments. Ce microbiote est particulièrement riche et diversifié : en plus des bactéries, on y trouve des champignons anaérobies et des protozoaires, qui, eux aussi, contribuent à la digestion. Il existe également un groupe de microbes qui fait beaucoup parler de lui. Il s’agit des archées méthanogènes, qui, comme leur nom l’indique, produisent du méthane lors de la digestion. Or, 14 % des émissions des gaz à effet de serre, dont le méthane, sont dues à l’élevage. Voilà pourquoi les chercheurs de l’Inra tentent de mieux comprendre la digestion des ruminants et la place des méthanogènes dans ce processus.

 

Vers des vaches plus vertes

Les archées méthanogènes se trouvent à la fin de la chaîne de digestion et produisent du méthane à partir du substrat que leur fournissent d’autres micro-organismes. Les chercheurs de l’Inra ont montré qu’en ajoutant dans la ration des vaches des lipides, de l’huile de lin par exemple, la production de méthane chutait jusqu’à 20 % sans altérer le bien-être ni la productivité des vaches. Les lipides sont toxiques pour certains microbes, dont les protozoaires, et la diminution de leur population joue directement sur l’activité des méthanogènes. Intérêt supplémentaire de l’huile de lin : le lait des vaches ainsi nourries est enrichi en oméga-3 et autres acides gras bénéfiques. Mais les chercheurs planchent aussi sur d’autres idées. Par exemple, moduler l’implantation du microbiote à la naissance des veaux afin de réduire la part des méthanogènes dont le but est d’aller vers un microbiote stable et peu émetteur de gaz et ceci, dès de le début de la vie de l’animal. On obtiendrait ainsi des vaches aussi vertes que la prairie qu’elles broutent.